药物研究所于2010年成立，目前分为南京研发中心和大丰研发中心，是公司进行新药研发的主要平台。研究所现有博士、硕士等70多人研发团队，具备先进的高精密仪器设备，研究所承担着正大丰海创新药与仿制药研发等科研工作，能够满足创新药的筛选与评价、仿制药小试开发与中试放大的研究需要。目前，研究所聚焦肠内营养（包括医用食品、液体治疗）、消化疾病领域、心脑血管疾病领域，关注精神神经和抗真菌领域的药物研发。